In Erfurt gibt es zahlreiche Museen mit unterschiedlichen Sammlungsschwerpunkten. In ihrem jeweiligen Gebiet haben sie überregionale Bedeutung.

► Das Stadtmuseum Erfurt befindet sich im Haus zum Stockfisch in der Johannesstraße im Osten der Altstadt. Seit 1974 wird dort die Stadtgeschichte präsentiert, wobei der Schwerpunkt auf der spätmittelalterlichen und frühneuzeitlichen Geschichte um Martin Luther und Erfurt als Universitätsstadt liegt. Zum Stadtmuseum gehören als Außenstelle das Museum Neue Mühle an der Schlösserbrücke mit einer funktionstüchtigen historischen Wassermühle sowie die Wasserburg Kapellendorf bei Weimar und der Benaryspeicher am Gothaer Platz mit einem Druckereimuseum.

► Das Angermuseum befindet sich im Kurmainzischen Packhof am Anger und ist das kunsthistorische Museum Erfurts. Es zeigt die bedeutendste Sammlung mittelalterlicher Kunst aus Thüringen sowie zahlreiche Graphiken des 20. Jahrhunderts und eine umfangreiche Sammlung kunsthandwerklicher Gegenstände. Große Berühmtheit erlangten außerdem die Lebensstufen des Expressionisten Erich Heckel. Es ist die einzige erhaltene Wandmalerei des Künstlers. Das Angermuseum wurde 1886 aus dem Nachlass Friedrich Nerlys gegründet und verfügt über die Barfüßerkirche und das in Bischleben gelegene Margaretha-Reichardt-Haus als Außenstellen.

► Das Naturkundemuseum Erfurt liegt in einem ehemaligen Waidspeicher in der Großen Arche nahe dem Fischmarkt. Es wurde 1922 gegründet und befindet sich seit 1995 am jetzigen Standort. Sammlungsschwerpunkt sind Flora, Fauna und Geologie Thüringens. Im Treppenhaus des Museums ist über mehrere Etagen der Stamm einer 350 Jahre alten Eiche installiert.

► Das Deutsche Gartenbaumuseum liegt in der ehemaligen Zitadelle Cyriaksburg am Westrand der Stadt hinter dem Gothaer Platz und gehört zum Gelände des egaparks. Sein Schwerpunkt ist die Entwicklung von Gartenbau und Gartenkunst in Mitteleuropa. Das Museum wurde 1961 eröffnet.

► Das Museum für Thüringer Volkskunde Erfurt zeigt Exponate der Alltags- und Gesellschaftskultur aus mehreren Jahrhunderten und befindet sich seit 1888 im Gebäude des ehemaligen Großen Hospitals am Juri-Gagarin-Ring im Osten der Altstadt.

► Die Alte Synagoge befindet sich an der Waagegasse beim Fischmarkt. Sie wurde 2009 eröffnet und zeigt den Schatz von Erfurt sowie bedeutende jüdische Schriften des Mittelalters.

► Das Elektromuseum in der Schlachthofstraße im Osten Erfurts zeigt seit 2000 die Entwicklung der Elektrotechnik.

► Im Erinnerungsort Topf & Söhne in der Weimarischen Straße im Südosten Erfurts behandelt die Dauerausstellung mit dem Titel Techniker der ‘Endlösung’. Topf & Söhne: Die Ofenbauer von Auschwitz die Mittäter- und Mitwisserschaft des Unternehmens am Holocaust. Die Eröffnung fand am 27. Januar 2011, dem Tag des Gedenkens an die Opfer des Nationalsozialismus, statt.

► In der Kunsthalle Erfurt im Haus zum Roten Ochsen am Fischmarkt finden Wechselausstellungen zeitgenössischer und moderner Kunst statt.

► In der Peterskirche auf dem Petersberg befindet sich seit 1993 eine Ausstellung konkreter Kunst.

► Im Stadtteil Molsdorf, etwa zehn Kilometer südlich der Innenstadt, liegt das spätbarocke Schloss Molsdorf. Es bietet, neben der acht Hektar großen Parkanlage und dem Schloss selbst, eine Ausstellung des Nachlasses des Malers Otto Knöpfer.